SEQPAD生物信息分析系统

生物信息分析移动解决方案——SEQPAD
    SEQPAD是根据多年生物信息分析和大数据处理经验所开发的一套“软硬兼施”的生物信息分析平台。该平台解决个人用户购买服务器价格昂贵、部署麻烦、定制化服务等诸多问题，**契合中小课题组需求，经济实用，可移动，更便捷。
一.配备精悍的移动服务器硬件系统
推荐的模块组合，在此基础上，还可以提供个性化的定制服务
组合类型	测序分析能力
标准组合	转录组：20G(有Ref)/5G(无Ref)、micRNA：5G、microarray的数据：20G、LncRNA：20G
个性化组合	根据客户要求进行安装
二.较新较全的**服务器软件系统
预装linux操作系统，并提供较新较全的生物信息分析软件，强大的软件帮您放大有限的硬件性能。
配备的生物分析软件：
具体分析工作	推荐安装软件
质量控制	FastQC、NGSQCToolkit、Trimmomatic
转录组分析	Tophat、Cufflinks、bowtie、Samtools、IGV、Rfam、GATK、VCFtools、VarScan等
转录组组装	Trinity等
进化分析	Structure、admixture等
miRNA分析	Bedtools、CutAdapt、HTSeq、Picard、miRDeep2、Vienna、Squid、RandFold、PDF-API2、miRanda、DIANA-microT等
序列比对	BLAST、FASTA等
芯片数据分析	gPLINK、plink等
长链非编码RNA分析	CPAT
数据可视化	R语言、Rstudio等
底层软件	Perl、Python、Cython等
Rpackage	edgeR、DESeq、cummeRbund、rrBLUP、genetics等200个package
R code	主成分分析、离散程度分析、网络可视化等等
三．较全面的分析服务培训
SEQPAD支持个性化的方案设计，为您提供为期两周的RNA-seq、micRNA、芯片等数据的全套分析流程培训内容。承接基因表达谱、MiRNA表达谱、SNP分型检测。